Le Conseil régional de Bourgogne-Franche-Comté est un partenaire public associé qui donne des avis sur le SCoT en cours d’élaboration au vu des politiques qu’il porte, en particulier dans les domaines de l’aménagement du territoire, du développement économique et des transports en commun.

Il a la particularité d’élaborer un Schéma Régional d’Aménagement, de Développement Durable et d’Egalité des Territoires (SRADDET), document cadre avec lequel le SCoT doit être compatible.